手写补充合同条款一般具有法律效力。根据《民法典》规定，当事人协商一致，可订立补充协议。只要手写补充条款是双方真实意思表示，内容不违反法律、行政法规强制性规定，不违背公序良俗，且当事人具备相应民事行为能力，该条款就有效。

不过，为避免纠纷，最好在手写条款处让双方签字或盖章确认，证明是双方认可的内容。若存在欺诈、胁迫等情形，或内容违法违规，该手写补充条款可能被认定无效。

手写补充合同条款引发纠纷时，法院会根据具体情况判断其效力及作出判决。首先审查是否构成合同有效要件，即双方有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律法规强制性规定和公序良俗。若满足，手写条款有效。

法院会看补充条款是否符合订立程序，如双方协商一致、签字确认等。若有一方主张受欺诈、胁迫订立，需提供证据，法院会结合证据判断。

若对条款理解有争议，法院会按词句、合同相关条款、目的、习惯及诚信原则确定真实意思。若手写条款与原合同条款冲突，一般以补充条款为准，因其是对原合同变更。