合同被确认全部无效后，应按以下方式处理。首先是返还财产，合同当事人因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。比如已交付的货物应返还，无法返还的要按市场价格折算补偿。 其次是赔偿损失，有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。例如一方故意隐瞒重要事实致合同无效，需赔偿对方信赖利益损失。 若合同无效是恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的，因此取得的财产收归国家所有或者返还集体、第三人。

合同无效纠纷一般由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。若合同中有有效管辖协议，应按协议确定管辖法院。 专属管辖的情形除外，如因不动产纠纷提起的合同无效诉讼，由不动产所在地法院管辖；农村土地承包经营合同、房屋租赁合同、建设工程施工合同、政策性房屋买卖合同纠纷等，按不动产纠纷确定管辖。