首先，遵循意思自治原则，若合同中有有效的管辖协议，约定了由某一法院管辖，则以该约定为准，由约定的法院管辖。

其次，若没有管辖协议，根据《民事诉讼法》规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。被告住所地即被告的户籍所在地，若被告经常居住地与户籍所在地不一致的，以经常居住地为准。合同履行地的确定需根据合同性质、履行情况等判断，有约定的从约定，没有约定或约定不明的，按照相关司法解释确定。

此外，对于一些特殊合同，如保险、运输合同等，有专门的管辖规定。
处理合同无效纠纷管辖权异议，可按以下步骤：

首先，当事人应在提交答辩状期间提出管辖权异议。法院会对异议进行审查，若异议成立，会裁定将案件移送有管辖权的法院；若异议不成立，则裁定驳回。

对于合同无效纠纷，若合同中有有效管辖约定，通常从其约定。没有约定的，由被告住所地或合同履行地法院管辖。合同被认定无效后，管辖条款一般仍有效。